La AEI financia la participación española en las convocatorias competitivas de diversos instrumentos: ERA-Net COFUND, EJP (European Joint Programme) y Partenariados de dos tipos, institucionalizados y cofinanciados, de los Programas Marco de Investigación e Innovación de la Unión Europea Horizonte 2020 (2014-2020) y Horizonte Europa (2021-2027), como la empresa común KDT, así como las Iniciativas de Programación Conjunta (JPI, por sus siglas en inglés).
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